La disputa científica sobre la evaluación de riesgos ambientales de los OGM se centra sobre todo alrededor de los efectos de la actual plantación masiva de plantas transgénicas. Según sus críticos, los peligros a evaluar en relación a potenciales amenazas a la biodiversidad se podrían centrar en los siguientes: Posibilidad de que las plantas genéticamente modificadas (PGM), por efecto del nuevo material genético introducido, puedan modificar sus hábitos ecológicos, dispersándose e invadiendo ecosistemas, al modo de malas hierbas. Posibilidad de transferencia horizontal del gen introducido, (p. ej., por medio del polen), desde la PGM a individuos de especies silvestres emparentadas que vivan en las cercanías del campo de cultivo, lo que podría conllevar la creación de híbridos que a su vez podrían adquirir efectos indeseados (invasividad, resistencia a plagas, incidencia negativa sobre otros organismos del ecosistema, etc.).
En los últimos años se habla de la importancia que revisten la conservación y gestión de los recursos vivos del planeta («biodiversidad») en relación con la biotecnología. Y esto por una doble razón: por un lado, la biodiversidad representa una gigantesca reserva de «oro verde» y por otro, porque los países ricos en biodiversidad, que suelen ser naciones en vías de desarrollo, tienen el legítimo interés de que la comunidad internacional valore sus recursos vivos y que se vean compensados de un modo justo por su conservación y su disponibilidad para la humanidad.
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